O acervo do MEPE é integrado por uma grande diversidade e fragmentação cultural representadas nas seguintes coleções. A coleção do comendador José Ferreira Baltar (1929). A coleção Liceu do Liceu Artes e oficio (1930) que remete ao Brasil Império. A coleção Brás Ribeiro, contendo porcelanas e exemplares de mobiliários do Brasil Colônia e Império.

Atualmente o acervo do Museu do Estado possui mais de catorze mil itens, agregando importantes coleções que se distribuem nas seguintes categorias: Arqueologia, Cultura Indígena, Presença Holandesa em Pernambuco, Arte Sacra, Cultura Afro-brasileira, Ex-votos, Iconografia, Mobiliário, Porcelana, Cristais e Pintura com telas de artistas como Cícero Dias, Telles Júnior, Francisco Brennand e Burle Marx.

Graças ao intercâmbio com outras instituições serve, também, aos artistas plásticos, informações de exposições, regulamentos e fichas de inscrição de salões de arte a se realizarem no País.