O museu surgiu como fruto da mobilização de uma associação de moradores do bairro, visando impedir a construção de um shopping center no local.

O MuBE, Museu Brasileiro da Escultura e Ecologia, foi criado a partir da concessão do terreno, situado entre a Avenida Europa e a Rua Alemanha, pela Prefeitura de São Paulo à SAM – Sociedade dos Amigos dos Museus, no ano de 1986, para a construção de um Centro Cultural de Escultura e Ecologia.

Para a escolha do projeto do prédio do Museu, foi realizado um concurso vencido por Paulo Mendes da Rocha. Nascia então o MuBE e seu prédio que é um marco da arquitetura mundial e que conta também com o jardim projetado por Roberto Burle Marx.