Tendo o Museu do Homem do Nordeste do Recife como inspiração, o Museu do Homem do Norte foi inaugurado em março de 1985 como um centro de valorização da cultura dos homens da região norte, de seus costumes e formas de interação com a natureza e com a sociedade.

Constituído inicialmente por objetos da região – como utensílios ligados à borracha, artefatos domésticos e artesanatos – o museu guarda a coleção etnográfica de Noel Nutels (1913-1973), médico indigenista engajado na proteção dos povos indígenas e na erradicação de doenças a eles transmitidas pelos brancos.

O acervo foi adquirido ao longo do tempo, por meio de doações, compras, cessões e incorporações.