Criado por D. João VI, em 06 de junho de 1818 e inicialmente, sediado no Campo de Sant’Ana, serviu para atender aos interesses de promoção do progresso cultural e econômico do país.

Como museu universitário, tem perfil acadêmico e científico. Suas exposições resultam da história da instituição e da excelência de suas atividades de pesquisa e ensino, cumprindo a finalidade precípua de produção e disseminação do conhecimento nas áreas de ciências naturais e antropológicas.

De seu acervo destacam-se, em exposição, a coleção egípcia, considerada a maior da América Latina e que começou a ser adquirida pelo Imperador Dom Pedro I.